2024年4月，北京大學現(xiàn)代農(nóng)業(yè)研究院李博生團隊和葉文秀團隊在《Genomics, Proteomics, and Bioinformatics》（IF=9.5）雜志上發(fā)表了一篇綜述文章，題為《Opportunities and challenges in advancing plant research with single-cell omics》。

Abstract

植物擁有多樣化的細胞類型和復雜的調(diào)控機制，以適應(yīng)自然界不斷變化的環(huán)境。為了研究細胞類型及其發(fā)育過程，已經(jīng)采用了包括單細胞測序方法在內(nèi)的各種策略，這些方法提供了高維度的數(shù)據(jù)目錄以解決生物學問題。近年來，轉(zhuǎn)錄組學、表觀基因組學、蛋白質(zhì)組學、代謝組學和空間轉(zhuǎn)錄組學等單細胞測序技術(shù)已經(jīng)在植物科學中得到了越來越廣泛的應(yīng)用，以揭示單細胞層面的復雜生物關(guān)系。然而，由于植物細胞結(jié)構(gòu)的特性所帶來的挑戰(zhàn)，單細胞技術(shù)在植物領(lǐng)域的應(yīng)用受到了更多的限制。本綜述文章概述了單細胞組學技術(shù)的最新進展，這些技術(shù)在植物系統(tǒng)中的意義和未來的研究應(yīng)用前景，以及植物系統(tǒng)中單細胞組學所面臨的挑戰(zhàn)。

KEYWORDS

多組學；單細胞轉(zhuǎn)錄組學；空間轉(zhuǎn)錄組學；單細胞表觀基因組學；單細胞蛋白質(zhì)組學

單細胞多組學技術(shù)在植物研究中的應(yīng)用及優(yōu)勢

該綜述文章詳細介紹了植物單細胞分離技術(shù)，包括微吸（Micro-pipetting）、光鑷（Optical tweezers）、微流控（Microfluidics）、單細胞微孔板（microwell）、分裂池（split-pool）、激光捕獲顯微切割（LCM）、流式細胞熒光分選技術(shù)（FACS）。特別強調(diào)了單細胞微流控分離技術(shù)在獲取高通量異質(zhì)性細胞類群方面的應(yīng)用。此外，也對原生質(zhì)體測序和單細胞核測序在植物中的應(yīng)用優(yōu)勢進行了比較。原生質(zhì)體測序能夠獲取更多的基因中位數(shù)，但需要酶解分離，對不易酶解的樣本難以獲取原生質(zhì)體，并且酶解過程可能影響細胞基因表達等信息。相比之下，細胞核測序不依賴酶解過程，特別適用于不易酶解的植物樣本，且能夠?qū)崟r捕獲基因表達信息，但捕獲基因數(shù)相對較低，且無法獲取細胞質(zhì)中的轉(zhuǎn)錄本信息等缺陷。另外，該文還全面闡述了單細胞轉(zhuǎn)錄組測序、單細胞表觀組、單細胞蛋白質(zhì)組、單細胞代謝組和空間轉(zhuǎn)錄組等技術(shù)在植物基因表達、細胞命運決定和發(fā)育進程研究中的應(yīng)用實例。

單細胞多組學技術(shù)在植物研究中的前景與挑戰(zhàn)

該綜述文章概述了單細胞組學和空間轉(zhuǎn)錄組學在植物研究中的廣泛應(yīng)用前景。其中包含發(fā)現(xiàn)新的細胞類型、尋找植物育種分子標記，揭示應(yīng)激響應(yīng)基因和其調(diào)控網(wǎng)絡(luò)。單細胞技術(shù)與多組學技術(shù)的融合為植物細胞生物學研究提供了更加全面和深入的視角。這有望為提高作物產(chǎn)量和解決可持續(xù)農(nóng)業(yè)面臨的關(guān)鍵問題提供新的思路。同時，文章指出了植物空間生物學目前面臨的挑戰(zhàn)。這些挑戰(zhàn)包括組織切片轉(zhuǎn)移、細胞邊界識別以及含水量高的薄壁細胞組織冷凍切片容易破碎等問題。文章還提出了高壓冷凍技術(shù)(HPF)和使用甲醛固定石蠟包埋組織標本(FFPE)等潛在解決方案。最后，文章強調(diào)了這些先進技術(shù)對于深化我們對植物發(fā)育、生長和應(yīng)激適應(yīng)機制的理解，以及推動植物研究和農(nóng)業(yè)進步的重要作用。單細胞技術(shù)的不斷發(fā)展和應(yīng)用將為植物科學領(lǐng)域帶來更多的機遇和突破。

在這篇文章中，李博生團隊和葉文秀團隊深入探討了單細胞組學技術(shù)在植物研究中的應(yīng)用。隨著單細胞測序技術(shù)的飛速發(fā)展，研究人員能夠以前所未有的精度分析復雜多細胞組織中單個細胞或一類細胞的分子和功能異質(zhì)性。這一技術(shù)的突破為植物研究開辟了新的天地，使得研究人員能夠更深入地理解植物的生長、發(fā)育和響應(yīng)環(huán)境變化的機制。

文中同樣也提到了BNKMANU?S1000等空間組學技術(shù)在植物研究中的價值，能使研究人員能夠深入了解復雜生物系統(tǒng)中不同細胞類型的轉(zhuǎn)錄網(wǎng)絡(luò)。通過分析細胞與其環(huán)境之間的相互作用，空間組學能夠發(fā)現(xiàn)新的細胞亞型、確定細胞譜系關(guān)系以及識別整個組織和器官內(nèi)的細胞演變過程【2】。

參考文獻：

1.Rhaman,M.S.,Ali,M.,Ye,W.and Li,B.,2024.Opportunities and Challenges in Advancing Plant Researchwith Single-cell Omics.Genomics,Proteomics &Bioinformatics,p.qzae026.

2. Song X, Guo P, Xia K, Wang M, Liu Y, Chen L, Zhang J, Xu M, Liu N, Yue Z, Xu X, Gu Y, Li G, Liu M, Fang L, Deng XW, Li B. Spatial transcriptomics reveals light-induced chlorenchyma cells involved in promoting shoot regeneration in tomato callus.?Proc Natl Acad Sci U S A. 2023;120(38):e2310163120. doi:10.1073/pnas.2310163120.

文章來源于BAP?BioArt植物