英文名:?Integration of full-length transcriptomics and?targeted metabolomics to identify?benzylisoquinoline alkaloid biosynthetic genes in?Corydalis yanhusuo

雜志：Horticulture Research

影響因子：5.404

研究背景

延胡索( Corydalis yanhusuo W.T. Wang) ，別名元胡，罌粟科紫堇屬多年生草本植物，常以其干燥塊莖入藥，是世界上具有低成癮性和耐受性的鎮(zhèn)痛中藥，鎮(zhèn)痛效價(jià)約為嗎啡的60%。四氫巴馬汀和左旋紫堇達(dá)明已被確認(rèn)為延胡索中具有鎮(zhèn)痛活性成分，可作為阿片類(lèi)鎮(zhèn)痛藥的替代品，但含量低下，產(chǎn)量較小的缺點(diǎn)制約著該類(lèi)藥物的應(yīng)用。

研究目的

對(duì)合成原小檗堿型芐基異喹啉生物堿的相關(guān)基因進(jìn)行了挖掘，為后期利用合成生物學(xué)與植物代謝工程生產(chǎn)延胡索中具有鎮(zhèn)痛效果的痕量化合物奠定了基礎(chǔ)。

材料方法

延胡索，成熟期的葉和塊莖，道地產(chǎn)區(qū)浙江磐安

代謝：UPLC-Q-TOFMS定性定量

轉(zhuǎn)錄組：二代+三代全長(zhǎng)轉(zhuǎn)錄組測(cè)序

研究結(jié)果

1、轉(zhuǎn)錄組和代謝組測(cè)序分析

該研究以來(lái)自道地產(chǎn)區(qū)浙江磐安的延胡索成熟期的葉和塊莖為研究對(duì)象，采用UPLC-Q-TOFMS定性定量分析了延胡索中具有鎮(zhèn)痛活性的成分，并通過(guò)二代校準(zhǔn)的三代全長(zhǎng)轉(zhuǎn)錄組測(cè)序的方法對(duì)合成原小檗堿型芐基異喹啉生物堿的相關(guān)基因進(jìn)行了挖掘。

延胡索提取物的塊莖和葉組QTOF-MS數(shù)據(jù)的代謝組學(xué)多元分析

延胡索塊莖和葉片之間基因的差異表達(dá)

2.、轉(zhuǎn)錄組-代謝組聯(lián)合分析

對(duì)處于不同器官的組織樣品進(jìn)行了轉(zhuǎn)錄組-代謝組聯(lián)合分析，最終鑒定到了101個(gè)參與芐基異喹啉生物堿(benzylisoquinoline alkaloid,BIA)生物合成途徑的unigenes和38種在延胡索葉與塊莖中含量具有顯著差異的代謝物，并對(duì)其中19種典型的代謝物進(jìn)行了器官差異性豐度測(cè)定。結(jié)果顯示，目前已知的合成途徑在延胡索中報(bào)導(dǎo)過(guò)的BIAs合成途徑中均成功對(duì)應(yīng)到至少一種關(guān)鍵合成酶的unigene，說(shuō)明BIA的空間分布差異主要受到轉(zhuǎn)錄水平上的調(diào)控。

芐基異喹啉生物合成途徑

3、 OMT蛋白家族系統(tǒng)發(fā)育樹(shù)分析

進(jìn)一步研究發(fā)現(xiàn)，其中參與合成具有廣泛臨床鎮(zhèn)痛潛力的關(guān)鍵代謝物四氫巴馬汀的酶可能與唯一已知的黃連中負(fù)責(zé)催化這一步反應(yīng)的ColumbamineO-methyltransferase(CoOMT)存在較大的蛋白質(zhì)序列差異。通過(guò)系統(tǒng)發(fā)生樹(shù)分析，作者們推斷出至少存在10種unigenes的翻譯產(chǎn)物可能催化四氫巴馬汀的合成。 特異性的氧甲基化是四氫巴馬汀與紫堇達(dá)明合成的關(guān)鍵，延胡索中是否存在特殊的一類(lèi)OMT或者具有不同底物特異性的OMT則是接下來(lái)將要重點(diǎn)解析的重點(diǎn)。

OMT蛋白家族系統(tǒng)發(fā)育樹(shù)

文章亮點(diǎn)

本研究明確了鎮(zhèn)痛成分的生物合成機(jī)制，同時(shí)為進(jìn)一步生化水平上的活性驗(yàn)證提供了方向，且為后期延胡索功能基因組的解析奠定基礎(chǔ)。

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英文名:Multi-omics reveals functional genomic and metabolic mechanisms of milk production and quality in dairy cows

雜志：Bioinformatics，2020

影響因子：5.61

研究背景

提高人類(lèi)不可食用的農(nóng)作物副產(chǎn)品的利用率是維持畜牧業(yè)可持續(xù)性的當(dāng)務(wù)之急，在過(guò)去的幾十年中，已經(jīng)做出了許多努力來(lái)利用農(nóng)作物副產(chǎn)品作為飼喂奶牛的飼料來(lái)源。但是，與高質(zhì)量和高成本的牧草苜蓿干草（AH）相比，大多數(shù)農(nóng)作物副產(chǎn)品，例如玉米秸稈（CS，是玉米生產(chǎn)的副產(chǎn)品），營(yíng)養(yǎng)價(jià)值較低，通常會(huì)降低牛奶產(chǎn)量和品質(zhì)。許多研究已經(jīng)使用化學(xué)分析來(lái)評(píng)估這些飼料的營(yíng)養(yǎng)成分，消化，利用率，微生物發(fā)酵的差異及其對(duì)牛乳生產(chǎn)的影響。最近，基于組學(xué)的技術(shù)也已被用于了解飼喂CS日糧的母牛在分子水平上的生理和生物學(xué)變化。但是，牛奶的生產(chǎn)過(guò)程可能會(huì)受到多個(gè)器官/組織的影響和調(diào)節(jié)。對(duì)不同器官中復(fù)雜的牛奶生產(chǎn)生物學(xué)過(guò)程的總體調(diào)節(jié)機(jī)制缺乏全面的了解，無(wú)法獲得更可實(shí)現(xiàn)的結(jié)果。

研究目的

提高反芻動(dòng)物對(duì)人類(lèi)不可食用的農(nóng)作物副產(chǎn)品的利用，以生產(chǎn)供人類(lèi)消費(fèi)的優(yōu)質(zhì)牛奶是一項(xiàng)新興的全球性任務(wù)。我們進(jìn)行了一項(xiàng)基于多組學(xué)的研究，以了解奶牛飼喂低品質(zhì)農(nóng)作物副產(chǎn)品時(shí)牛奶生產(chǎn)的調(diào)控生物學(xué)過(guò)程，旨在提高其利用率。

材料方法

1、實(shí)驗(yàn)樣本：

（1）養(yǎng)殖條件：16頭中國(guó)荷斯坦奶牛（產(chǎn)奶量=29.4±2.16kg/d;日產(chǎn)奶量=164±27.5d;均價(jià)=3.6±1.8;平均±SD）。根據(jù)牛奶產(chǎn)量，在隨機(jī)分組設(shè)計(jì)中將其分配給以下2種處理方法之一：苜蓿干草為主的日糧（AH，n=8）和玉米秸稈基礎(chǔ)飲食（CS，n=8）。AH和CS日糧含有52.9％和54.3％的干物質(zhì)（DM），16.7％和16.2％的粗蛋白（以DM為基準(zhǔn)），31.1％和36.3％的中性洗滌劑纖維（以DM為基準(zhǔn)），18.5％和19.5％的酸性洗滌劑纖維（以DM為基礎(chǔ)），非纖維狀碳水化合物（NFC，DM為基礎(chǔ)）分別占40.6％和36％。每天在06:30、14:00和20:00h隨意飼喂3次，每次3至5％的飼料，使用混合飼料。

所有母牛都被喂食65天以收集生物流體樣本（瘤胃液，血清，牛奶和尿液）。在這項(xiàng)研究中測(cè)量了這16頭母牛的血液參數(shù)，瘤胃氨氮和揮發(fā)性脂肪酸。其中，考慮到動(dòng)物屠宰和多組學(xué)測(cè)量的成本，按照公開(kāi)的方法從每組中隨機(jī)選擇6頭母牛進(jìn)行屠宰后再喂養(yǎng)25天以收集肝臟和MG組織。使用SAS的PROCTTEST（版本9.4）分析瘤胃發(fā)酵參數(shù)，血液參數(shù)，瘤胃微生物多樣性和功能數(shù)據(jù)。

（2）樣本收集：收集飼喂65天的16頭牛生物流體樣本（瘤胃液，血清，牛奶和尿液）和血液；再喂養(yǎng)25天后從每組中隨機(jī)選擇6頭母牛進(jìn)行屠宰以收集肝臟和MG組織。測(cè)量16頭母牛的血液參數(shù)，瘤胃氨氮和揮發(fā)性脂肪酸。

2、實(shí)驗(yàn)方法：

（1）代謝組學(xué)：肝臟和MG組織，GC-TOF/MS。

（2）宏基因組：瘤胃微生物組，IlluminaMiSeq。

（3）轉(zhuǎn)錄組：肝臟和MG組織轉(zhuǎn)錄組分析。

研究結(jié)果

1、飼喂基于AH和CS的日糧的奶牛之間的表型變化

與優(yōu)質(zhì)飼草（苜蓿干草）相比，以低品質(zhì)CS喂養(yǎng)母牛時(shí)，觀察到的牛奶產(chǎn)量，牛奶蛋白，乳糖和牛奶效率顯著降低。對(duì)血液中葡萄糖濃度的后續(xù)分析顯示，CS組的血糖濃度顯著低于AH組（P=0.03）（表1）。在飼喂CS的牛的瘤胃中，乙酸與丙酸酯的比例和氨氮的濃度均顯著較高（P<0.01）（表1）。在CS喂養(yǎng)的動(dòng)物中，乙酸鹽和丙酸鹽的瘤胃摩爾比例分別顯著較高和較低（P<0.01）（表1）。

Table 1. The blood and rumen fermentation parameters in the dairy cows fed with alfalfa hay and corn stover based diets.

2、根據(jù)宏基因組學(xué)，AH組和CS組之間瘤胃微生物組的組成和功能差異

從瘤胃微生物群中鑒定出總共784屬，包括古細(xì)菌，細(xì)菌和真核生物，在所有動(dòng)物中共檢測(cè)到其中的111屬。進(jìn)一步的比較表明，變形桿菌，纖維桿菌和門(mén)菌（圖1a）和擬桿菌，副細(xì)菌，纖維桿菌，卟啉單胞菌，Paludibacter和Victivallis屬的相對(duì)豐度顯著較高（P<0.05），而在飼喂CS的奶牛的瘤胃中，密螺旋體屬和琥珀酸單胞菌屬明顯降低（P<0.05，相對(duì)豐度>0.02％）（圖1b）。在396種優(yōu)勢(shì)細(xì)菌中（相對(duì)豐度>0.01％，補(bǔ)充表2），麥芽螺旋體僅在AH組的瘤胃中發(fā)現(xiàn)，而在CS喂養(yǎng)的牛瘤胃中，T.saccharophilumandT.succinifaciens的相對(duì)豐度顯著降低（P<0.05）。在兩組奶牛的屬或種水平上，古細(xì)菌和真核生物的豐度均未發(fā)現(xiàn)差異。宏基因組功能分析揭示了兩組在1級(jí)基因功能中碳水化合物代謝的相對(duì)相對(duì)豐度不同（圖1c，P=0.032）。碳水化合物代謝中第4級(jí)功能的比較表明，編碼乳醛還原酶（EC1.1.1.77），I型谷氨酰胺合成酶（EC6.3.1.2），甲基丙二酰輔酶A脫羧酶（EC4.1.1.41），琥珀酸的基因相對(duì)豐富CS組的脫氫酶（EC1.3.5.1）和α-木糖苷ABC轉(zhuǎn)運(yùn)蛋白顯著降低（圖1d，P<0.05）。

Figure 1. Rumen microbial difference between AH and CS groups

3、基于代謝組學(xué)和代謝組學(xué)綜合分析的AH和CS組瘤胃微生物代謝特征差異

瘤胃液中55種明顯不同的代謝產(chǎn)物中，CS喂養(yǎng)的動(dòng)物中49種的代謝產(chǎn)物含量較低，通過(guò)將微生物分類(lèi)群相對(duì)豐度，碳水化合物代謝中的基因豐度和17種高度豐富的微生物代謝物相關(guān)聯(lián)，研究了微生物代謝物與微生物之間的關(guān)系。核心宏基因組相關(guān)元素包括三個(gè)細(xì)菌屬（纖維桿菌，琥珀酸桿菌和螺旋體）），三種細(xì)菌種類(lèi)（解淀粉琥珀酸桿菌，琥珀酸梅毒螺旋體和嗜糖鏈球菌）和三種微生物功能（甲基丙二酰輔酶A脫羧酶，琥珀酸脫氫酶和乳醛還原酶）（圖2a）。琥珀酸脫氫酶基因和解淀粉鏈球菌的相對(duì)豐度分別與16種代謝物（r介于0.43至0.68，P<0.1）和15種代謝物（r介于0.43至0.76，P<0.1）呈正相關(guān)。對(duì)上述瘤胃代謝組和代謝組的綜合分析顯示，當(dāng)給動(dòng)物喂食CS時(shí)，瘤胃中產(chǎn)生較低的丙酸根和較高的乙酸鹽的潛在機(jī)理（圖2b）。

Figure 2. Rumen microbial metabolic signature difference between AH and CS groups based on the metagenome-metabolome integrated analysis.

4、菌體和屬水平的微生物分類(lèi)學(xué)分析

代謝物譜分析分別在肝臟和MG組織中鑒定出270和273種代謝產(chǎn)物（重疊179種）。肝臟中28種代謝產(chǎn)物的豐度差異顯著（VIP>1＆P<0.05）；在CS喂養(yǎng)的動(dòng)物中，其中15個(gè)較低，而13個(gè)則較高（VIP>1＆P<0.05）。在飼喂CS的動(dòng)物中，MG組織中3種代謝物含量較低，而6種代謝物含量較高（VIP>1＆P<0.05）。圖3顯示了ROC曲線分析的肝臟和MG組織中AUC最高的前3種代謝產(chǎn)物及其在AH和CS組中的相對(duì)濃度。肝臟中的馬尿酸（HCA，AUC=1，log2FC=7.54；圖3a），亮氨酸（AUC=1，log2FC=11.01;圖3b），胱氨酸（AUC=0.972，log2FC=-4.24;圖3c）表現(xiàn)出最*的預(yù)測(cè)性能，可以區(qū)分AH和CS。

MG中的馬來(lái)酸（AUC=0.972，log2FC=-2.88;圖3d），鄰苯三酚（AUC=0.833，log2FC=6.26;圖3e）和琥珀酸（AUC=0.833，log2FC=-3.01;圖3f）是分離AH和CS動(dòng)物的潛在生物標(biāo)記。通過(guò)IPA識(shí)別，CS喂養(yǎng)的奶牛的肝臟中關(guān)鍵顯著下調(diào)的途徑是氨基酸（AA）代謝（P=1.66E-07，Z評(píng)分=-3.12），糖異生（P=3.86E-08，Z評(píng)分=-2.61））以及肝臟中的維生素和礦物質(zhì)代謝（P=1.47E-15，Z分?jǐn)?shù)=-2.42）（圖3g）；MG中AAs的攝?。≒=1.49E-08，Z分?jǐn)?shù)=-2.77），攝取L-AA（P=4.52E-07，Z分?jǐn)?shù)=-2.41），碳水化合物代謝（P=2.10E-11，Z分?jǐn)?shù)=-2.24）和葡萄糖-6-磷酸的氧化（P=1.01E）-11，Zscore=-2.21）途徑顯著下調(diào)。（圖3h）

Figure 3. The biomarker and functional analysis in the liver and mammary gland tissues between AH and CS groups.

5、AH和CS組之間差異表達(dá)的基因和功能分析

分別從肝臟和MG轉(zhuǎn)錄組中分別獲得22.63±1.95和20.03±271萬(wàn)原始序列讀數(shù)?；虮磉_(dá)的密度在每個(gè)組織內(nèi)的飲食處理之間沒(méi)有顯示出明顯的差異，但是在兩個(gè)組織之間存在顯著的差異。在AH和CS組之間，總共在肝臟中發(fā)現(xiàn)了67個(gè)基因（CS組中9個(gè)上調(diào)和58個(gè)下調(diào)）DE基因（|倍數(shù)變化|>2＆FDR<0.05）（圖4a）。在CS奶牛的MG中，兩個(gè)基因（IGFBP1和ENSBTAG00000047957）以及六個(gè)基因（包括PDZK1IP1，LALBA，CSN1S2，LOC505033，CSN3和PDPN）分別顯著上調(diào)和下調(diào)（圖4b）?；贒E基因，在AH和CS組之間分別在肝臟和MG組織中鑒定出165個(gè)和19個(gè)功能性GO術(shù)語(yǔ)。

Figue 4. The differential expressed genes between AH and CS groups and coexpressed gene module-biomarker correlation analysis in the liver and mammary gland tissues.

6、代謝機(jī)制的確定作為營(yíng)養(yǎng)物質(zhì)分配的結(jié)果

在兩個(gè)動(dòng)物組之間，AA代謝途徑是肝臟中最顯著不同的途徑（圖5a）。對(duì)AA代謝途徑的進(jìn)一步影響分析表明，亞途徑，甘氨酸，絲氨酸和蘇氨酸代謝的影響較大（圖5b，P=0.029，影響值=0.597）。因此，我們對(duì)肝臟中與甘氨酸相關(guān)的反應(yīng)進(jìn)行了徹底的分析，并研究了它們與體內(nèi)體液中代謝物的關(guān)系。綜合比較表明，苯甲酸，糖胺（GAA）和HCA在整個(gè)人體的AA代謝中起著關(guān)鍵作用，當(dāng)母牛飼喂CS時(shí)，隨后會(huì)影響牛奶的合成（圖5c）。用CS喂養(yǎng)的奶牛肝臟中甘氨酸和HCA的濃度更高，進(jìn)一步支持了我們的推測(cè)，即瘤胃（微生物）和肝臟（宿主）中的苯甲酸代謝都可能受到影響（圖5c）。對(duì)肝，血清和尿液進(jìn)行的HCA生物標(biāo)志物分析顯示出一致的結(jié)果（圖5d），這進(jìn)一步表明，從肝臟到尿液的HCA循環(huán)是CS下牛奶產(chǎn)量變化的生物標(biāo)志物。

Figure 5. The roles of systematic metabolites across multiple organs and biofluids when cows fed corn stover 。

文章創(chuàng)新點(diǎn)

這項(xiàng)研究揭示了低質(zhì)飼草飲食下跨不同生物流體和組織的與牛奶生產(chǎn)相關(guān)的生物學(xué)機(jī)制，這為未來(lái)作物副產(chǎn)品的利用和可持續(xù)反芻動(dòng)物的生產(chǎn)提供了新穎的理解和潛在的改善策略?？傊?，對(duì)瘤胃，肝臟和MG組織中不同分子（DNA，RNA，代謝物）的多組學(xué)評(píng)估表明，當(dāng)給母牛喂食CS時(shí)，乳牛生產(chǎn)中所涉及的代謝和分子生物學(xué)機(jī)制。對(duì)高品質(zhì)和低品質(zhì)飼料來(lái)源的奶牛進(jìn)行系統(tǒng)的比較，為提高人類(lèi)不可食用的飼料用于牛奶生產(chǎn)的生物利用度提供了基本的了解。已發(fā)現(xiàn)馬尿酸是導(dǎo)致牛奶產(chǎn)量低的代謝生物標(biāo)志物，暗示了與低質(zhì)飼草利用代謝機(jī)制有關(guān)的未來(lái)評(píng)估參數(shù)，在開(kāi)發(fā)用于繁殖和選擇或分類(lèi)動(dòng)物的工具以?xún)?yōu)化農(nóng)場(chǎng)管理方面，這是有希望的。

轉(zhuǎn)錄組+代謝組數(shù)據(jù)挖掘?qū)崿F(xiàn)思路

轉(zhuǎn)錄組代謝組聯(lián)合分析一、轉(zhuǎn)錄組云平臺(tái)個(gè)性化可視化交互

整體層面分析樣本間/組間差異：PCA分析、相關(guān)性分析、WGCNA分析、聚類(lèi)熱圖等

差異層面分析比較組差異基因：

1、差異基因篩選: 差異火山圖，聚類(lèi)熱圖、韋恩圖、WGCNA、共表達(dá)趨勢(shì)（K-Means）；

2、差異功能基因挖掘：差異基因功能注釋和富集分析（COG、GO、KEGG等）、GSEA（有生物意義，無(wú)顯著性）、蛋白互作、轉(zhuǎn)錄因子預(yù)測(cè)

此外，百邁客提供個(gè)性化可視化交互—50+個(gè)性化功能+圖片交互（字體及配色調(diào)整、布局變換、數(shù)據(jù)篩選等），數(shù)據(jù)挖掘一網(wǎng)打盡；一站式科研服務(wù)—操作簡(jiǎn)單，85%可視化交互覆蓋率，分析不限時(shí)不限次；光速周期—常規(guī)分析1min，分析結(jié)果極速可得！

轉(zhuǎn)錄組代謝組聯(lián)合分析二、代謝組云平臺(tái)個(gè)性化全面覆蓋

整體層面分析樣本間/組間差異：PCA分析、相關(guān)性分析、OPLS-DA分析、WGCNA分析、Kmeans聚類(lèi)分析（代謝物）等

差異層面分析比較組差異代謝物：

1、差異代謝物篩選:差異火山圖，聚類(lèi)熱圖、韋恩圖；

2、差異代謝物功能挖掘：差異代謝物能注釋和富集分析（COG、KEGG）、富集弦圖、ipath；

轉(zhuǎn)錄組代謝組聯(lián)合分析三、代謝組云平臺(tái)—多種聯(lián)合分析任你搭配

整體層面分析轉(zhuǎn)錄組與代謝組數(shù)據(jù)的相關(guān)性：PCA分析、O2PLS分析、WGCNA

差異層面獲得共表達(dá)的差異基因和差異代謝物：

1、差異基因和差異代謝物KEGG通路分析：KEGG通路比較分析（韋恩圖，富集）、KEGG通路可視化、Ipath 整合分析

2、、轉(zhuǎn)錄組和代謝組相關(guān)性分析：九象限圖、相關(guān)性熱圖和玄圖、相關(guān)性網(wǎng)絡(luò)熱圖、相關(guān)性網(wǎng)絡(luò)圖、典型相關(guān)分析（CCA）。

轉(zhuǎn)錄組代謝組聯(lián)合分析案例分享

研究方案

材料：采集來(lái)自云南大理市(Y_DTN)、云南麗江市(Y_LTN)、云南建水縣(Y_JTN)、云南曲靖市(Y_QTN)、四川會(huì)理市(S_DHT)和攀枝花市(S_PTN)以及河南滎陽(yáng)市(H_HYT)共7個(gè)不同產(chǎn)區(qū)的石榴果肉樣品。

方法：RNA-seq；非靶代謝組；生理指標(biāo)測(cè)定：pH值、可滴定酸度（TA）、總可溶性固體（TSS）和TSS/TA值

研究?jī)?nèi)容

1、生理指標(biāo)+代謝組學(xué)分析：

7個(gè)產(chǎn)區(qū)突尼斯軟籽石榴揮發(fā)性化合物的熱圖：風(fēng)味譜、糖、有機(jī)酸和維生素c含量存在顯著差異。所有石榴花粒中共鑒定出40種揮發(fā)性化合物，其中醇、醛、酸和二戊烯是影響石榴香氣品質(zhì)主要因素。

揮發(fā)性化合物的熱圖

揮發(fā)性化合物鑒定（部分結(jié)果）

2、轉(zhuǎn)錄組分析：

WGCNA分析：1808基因（生物合成相關(guān)基因），1640個(gè)基因被分為11個(gè)不同的模塊，紅色、黃色、綠松石、藍(lán)色、品紅、綠色模塊與大多數(shù)揮發(fā)性化合物呈較高的正相關(guān)關(guān)系（CC > 0.5），表明這些模塊中的基因主要與所有石榴粥樣品中風(fēng)味化合物的產(chǎn)生有關(guān)。

GO和KEGG富集；1808基因主要富集于分子功能的“裂解酶活性”，細(xì)胞成分的“葉綠體基質(zhì)”，生物過(guò)程的“小分子生物合成過(guò)程”。鑒定了40條顯著富集的KEGG途徑，其中碳代謝生物合成的DGE數(shù)量最多。與其他次生代謝產(chǎn)物相關(guān)的途徑也被富集，包括淀粉和蔗糖代謝、糖酵解/糖異生等，這些富集的基因大部分屬于黃色、綠松石色和藍(lán)色模塊。這也表明，這些模塊中的基因的功能與KEGG富集分析相一致，而KEGG富集分析主要與初級(jí)和次生代謝產(chǎn)物的合成和代謝有關(guān)。

基因相關(guān)網(wǎng)絡(luò)：三個(gè)模塊與揮發(fā)性化合物的合成具有高度的相關(guān)性，但三個(gè)模塊中的基因表現(xiàn)出不同的組成和表達(dá)模式，說(shuō)明不同模塊中的基因在揮發(fā)性化合物的合成中可能發(fā)揮不同的功能。

3、轉(zhuǎn)錄組+代謝組聯(lián)合：

相關(guān)性網(wǎng)絡(luò)圖：己酸和1-己醇是石榴果實(shí)中的關(guān)鍵揮發(fā)性化合物，分別與38個(gè)和31個(gè)DEGs顯著相關(guān)，例如Para-α-二甲基苯乙烯、2-非丙酮、肉豆蔻酸、苯乙烯和乙酸與不少于5個(gè)DGE具有顯著的高相關(guān)性。結(jié)果表明，植物的次級(jí)代謝途徑不僅僅是相應(yīng)途徑中酶與底物反應(yīng)的結(jié)果，還受到其他途徑中基因編碼蛋白與代謝物相互作用的影響。

差異基因和差異代謝物相關(guān)性網(wǎng)絡(luò)圖（|r|≥0.8，p < 0.05）

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研究背景

結(jié)構(gòu)變異（SV）是基因組變異的來(lái)源之一，并可能導(dǎo)致癌基因生成。然而，人類(lèi)癌癥中SV的識(shí)別和解釋在技術(shù)上仍然具有挑戰(zhàn)性。利用長(zhǎng)讀長(zhǎng)測(cè)序和Hi-C優(yōu)勢(shì)檢測(cè)人類(lèi)胰腺導(dǎo)管上皮癌發(fā)生結(jié)構(gòu)變化的特征，揭示了3D染色質(zhì)架構(gòu)的廣泛重新編程，對(duì)闡明胰腺癌基因組結(jié)構(gòu)變化特征對(duì)其發(fā)生發(fā)展的分子機(jī)制至關(guān)重要。

研究設(shè)計(jì)

材料：人類(lèi)胰腺導(dǎo)管上皮細(xì)胞（HPDE6-C7）和人類(lèi)胰腺癌細(xì)胞系PANC1和BxPC3；CCLE+GSE97003數(shù)據(jù)庫(kù)中的三條細(xì)胞系進(jìn)行了轉(zhuǎn)錄組聚類(lèi)分析

方法：Hi-C互作、單分子實(shí)時(shí)（SMRT）測(cè)序、RNA-seq、ChIP-seq（NCBI PRJEB27863）

研究結(jié)論

研究人員通過(guò)整合三代人重測(cè)序、高通量染色質(zhì)構(gòu)象捕獲( Hi-C) 和 RNA-seq等多組學(xué)技術(shù)，對(duì)源自人胰腺導(dǎo)管上皮的胰腺癌細(xì)胞和正常人胰腺導(dǎo)管上皮細(xì)胞進(jìn)行了深入研究和綜合分析，成功揭示了PDAC細(xì)胞中SV的特征圖譜和染色體空間結(jié)構(gòu)的多尺度重塑，并進(jìn)一步闡釋了SV與染色質(zhì)三維結(jié)構(gòu)之間的復(fù)雜的相互作用及其對(duì)基因表達(dá)的影響。這一發(fā)現(xiàn)為全面了解SV在胰腺癌發(fā)展中的致病機(jī)制提供了全基因組資源和新的空間視角，這可能有助于識(shí)別新的預(yù)后標(biāo)志物和治療靶點(diǎn)。

文章亮點(diǎn)

借助三代人全基因組重測(cè)序技術(shù)，揭示胰腺癌關(guān)鍵驅(qū)動(dòng)基因CDKN2A和SMAD4的復(fù)雜基因組重排，并且結(jié)合Hi-C技術(shù)識(shí)別了染色質(zhì)空間構(gòu)象的改變，并從線性角度和3D角度進(jìn)一步闡明了它們對(duì)癌基MIR31HG、MYO5B等表達(dá)的影響，這是首次采用多組學(xué)策略集成了長(zhǎng)讀長(zhǎng)測(cè)序和Hi-C技術(shù)研究結(jié)構(gòu)變異（SV）對(duì)胰腺癌三維基因組的影響，為PDAC診治開(kāi)發(fā)提供了遺傳和分子基礎(chǔ)的根本新見(jiàn)解。

研究結(jié)果

1、人類(lèi)胰腺癌結(jié)構(gòu)變異的特征

利用SMRT測(cè)序長(zhǎng)度長(zhǎng)的優(yōu)勢(shì)全面研究了正常胰腺導(dǎo)管上皮細(xì)胞惡性轉(zhuǎn)化過(guò)程中發(fā)生的SV的動(dòng)態(tài)譜，檢測(cè)到PANC1、BxPC3和HPDE6C7中存在大量的結(jié)構(gòu)變異（SV），分別為20 805、21 168和23 035個(gè)SV。兩種常見(jiàn)的SV類(lèi)型是插入和缺失，分別占所有SV的約50%和41%。值得注意的是，與正常上皮細(xì)胞系相比，癌癥細(xì)胞系中兩種以上簡(jiǎn)單SV斷端重疊的復(fù)雜SV數(shù)量增加了兩到四倍，這表明在惡性轉(zhuǎn)化過(guò)程中，基因組不穩(wěn)定性大大增加。對(duì)這些SV進(jìn)行染色體區(qū)域分布、長(zhǎng)度分布分別進(jìn)行分析，插入、缺失和重復(fù)表現(xiàn)出相似的特征，大多數(shù)長(zhǎng)度都在1kb以?xún)?nèi)，表現(xiàn)出細(xì)胞異質(zhì)性。

人胰腺導(dǎo)管癌SV整體景觀

研究了在其外顯子區(qū)域受到SV直接影響的基因，并分別在PANC1、BxPC3和HPDE6C7中檢測(cè)到了1017、1061和1683個(gè)基因的變化。在PANC1中獨(dú)立檢測(cè)到14號(hào)染色體上的DICER1擴(kuò)增，19號(hào)染色體上的AKT2缺失和20號(hào)染色體上的GNAS插入。在BxPC3中特異性地檢測(cè)到9號(hào)染色體上的TNC缺失，11號(hào)染色體上的RRAS2插入和18號(hào)染色體上的SMAD4缺失。BxPC3樣本中還存在許多基因大片段缺失，長(zhǎng)度超過(guò)1.7 Mb，包括CDKN2A、CDKN2B、MTAP和DMRTA1等基因。基于長(zhǎng)讀長(zhǎng)測(cè)序結(jié)果建立了人類(lèi)胰腺癌中SV的特征，為全面研究SV在這種致命惡性腫瘤中的發(fā)病機(jī)制提供寶貴的資源。

人胰腺導(dǎo)管癌SV影響外顯子區(qū)域基因的變化

2.染色質(zhì)三維結(jié)構(gòu)的廣泛重塑與人類(lèi)PDAC的基因表達(dá)變化相關(guān)

Hi-C測(cè)序全面分析正常HPDE6C7細(xì)胞系和兩種癌細(xì)胞系（BxPC3和PANC1）染色體的空間構(gòu)象，對(duì)來(lái)自不同庫(kù)的三個(gè)細(xì)胞系的主要讀數(shù)的相關(guān)性分析表明，來(lái)自不同庫(kù)的Hi-C數(shù)據(jù)是一致的，兩種癌細(xì)胞類(lèi)型最相似，可以與正常的HPDE6C7細(xì)胞系區(qū)分開(kāi)來(lái)。

PADC中染色質(zhì)A/B室置換分析，與正常細(xì)胞相比，BxPC3中A/B置換的總發(fā)生率分別為24.8%（A到B，15.3%；B到A，9.5%）和PANC1中的24.1%（A到B，16.2%；B到A，7.9%）。A/B置換與基因密度和調(diào)節(jié)活性的變化有關(guān)，穩(wěn)定的A和B室到A室置換是具有活性轉(zhuǎn)錄的基因豐富的區(qū)域，而穩(wěn)定的B室和A室到B室置換具有相反的特性，RNA-seq數(shù)據(jù)相結(jié)合也證實(shí)這一結(jié)論。其中癌癥樣本中PHLDA1是位于12號(hào)染色體共同B到A室置換的基因，在兩個(gè)癌細(xì)胞系中都顯著上調(diào)，PHLDA1在幾種惡性腫瘤中顯著上調(diào)，包括胰腺癌、低級(jí)膠質(zhì)瘤和黑色素瘤，它與胰腺癌預(yù)后不佳顯著相關(guān)。這些結(jié)果表明兩個(gè)癌細(xì)胞系（BxPC3和PANC1）中染色質(zhì)A和B室的空間分布發(fā)生了變化，這些轉(zhuǎn)變與癌癥相關(guān)基因的表達(dá)變化顯著相關(guān)。

人胰腺癌染色質(zhì)A/B室置換對(duì)基因表達(dá)的影響

PDAC中的接觸域（CD）改變分析，拓?fù)潢P(guān)聯(lián)域（TAD）是染色質(zhì)結(jié)構(gòu)的功能單位，這里利用高分辨率Hi-C（5kb）測(cè)序檢測(cè)正常細(xì)胞系和癌細(xì)胞系的接觸域邊界（CDB）,在HPDE6C7、BxPC3和PANC1細(xì)胞系中確定了14 581、14 318和13 494 CD，平均大小分別為211、227和214kb。CDB保存在人類(lèi)基因組中任何兩種細(xì)胞類(lèi)型之間共享的CDB很少，CD數(shù)量和大小的變化可能會(huì)在不同的染色體區(qū)域出現(xiàn)截然相反的變化。與共享的的CD相比，癌癥特異性CD區(qū)域與上調(diào)基因表達(dá)的關(guān)聯(lián)要大得多。這些癌癥特異性CD中差異表達(dá)基因的GO富集分析顯示，改變的基因涉及幾種關(guān)鍵途徑，包括癌癥促進(jìn)、細(xì)胞分化、細(xì)胞粘附、細(xì)胞運(yùn)動(dòng)和遷移。

人胰腺癌染色質(zhì)CDB和loops環(huán)對(duì)基因表達(dá)的影響

PDAC中的癌癥特異性loops和異常增強(qiáng)子激活深入研究，顯示癌癥特異性loops異常增多，癌癥特異性CD與高比例的癌癥特異性loops顯著相關(guān)，這些H3K27ac活性的癌癥特異性loops與上調(diào)的基因表達(dá)顯著相關(guān)。這些變化伴隨著基因表達(dá)的上調(diào)，可能與癌癥特異性loops中調(diào)節(jié)元素活性的增強(qiáng)有關(guān)?？傊琍DAC細(xì)胞系中的3D染色質(zhì)結(jié)構(gòu)經(jīng)歷了廣泛的重塑，并隨之而來(lái)的基因表達(dá)失調(diào)，這可能會(huì)促進(jìn)PDAC的腫瘤發(fā)生和進(jìn)展。

3、三維基因組結(jié)構(gòu)變異的分布

人體內(nèi)SV的發(fā)生和形成往往受到染色體三維空間結(jié)構(gòu)的影響，根據(jù)SV和染色質(zhì)A/B室之間的關(guān)系，除了BxPC3中的缺失外，BxPC3/PANC1/HPDE6C7樣本中染色質(zhì)A室都有顯著的插入、缺失和重復(fù)變化，發(fā)現(xiàn)插入、其中在PANC1的染色質(zhì)A室中顯著富集了缺失和重復(fù)變異，但在BxPC3的染色質(zhì)A室中顯著存在重復(fù)變異，兩種癌細(xì)胞系之間A/B隔間中癌癥特異性SV的分布模式大不相同。

SV在CD中的分布及其邊界研究，根據(jù)SV和CDB斷點(diǎn)之間的相對(duì)位置，將所有癌癥特異性SV分為四類(lèi)：CDB中/交叉CDB/內(nèi)部CDB/部分重疊。超過(guò)90%的癌癥特異性SV位于CD（CDB-SV）內(nèi)部，這對(duì)它們的染色質(zhì)空間構(gòu)象影響很小，而跨CDB/內(nèi)部CDB/部分重疊SV對(duì)CD折疊的影響更大，其比例相對(duì)較低。總之，在A/B室或CD級(jí)別的腫瘤中，SVs的發(fā)生與染色體三維空間構(gòu)象之間存在一定的相關(guān)性。此外，SV在三維基因組中的分布模式具有高度細(xì)胞類(lèi)型特異性。

三維基因組染色質(zhì)空間構(gòu)象與結(jié)構(gòu)變異的分布

4、PDAC基因組中特定癌癥SV和染色質(zhì)結(jié)構(gòu)域的相互作用

SV可以重塑線性基因組染色質(zhì)空間構(gòu)象，從而改變順式中的染色質(zhì)拓?fù)浜突蛘{(diào)控，深入探索跨CDB SV對(duì)CD中斷的影響，跨CDB缺失區(qū)域的CD融合明顯高于基因組的其他位點(diǎn)，并且只有同一細(xì)胞系中頻率更高的缺失與相鄰CD或CD融合的增強(qiáng)相互作用有關(guān)，低頻率的缺失對(duì)相鄰CD的相互作用沒(méi)有顯著影響，在這些情況下沒(méi)有發(fā)現(xiàn)CD融合。這些表明SV對(duì)3D基因組結(jié)構(gòu)的影響相當(dāng)復(fù)雜，可能會(huì)受到多種因素的影響，例如SV的細(xì)胞間基因組異質(zhì)性、位置和長(zhǎng)度等。

分析了兩個(gè)癌細(xì)胞系中CD融合與差異基因表達(dá)之間的相關(guān)性。結(jié)果表明，融合CD中差異表達(dá)基因的比例明顯高于基因組其他區(qū)域，總的來(lái)說(shuō)，這些數(shù)據(jù)表明，癌癥特異性SV可以通過(guò)重塑PDAC中的CD來(lái)調(diào)節(jié)基因表達(dá)。

癌癥特異性SV通過(guò)重塑PDAC基因組中的CD來(lái)影響基因調(diào)控

5、CDKN2A純合子缺失對(duì)三維基因組結(jié)構(gòu)和基因表達(dá)的影響

CDKN2A失活通過(guò)各種機(jī)制發(fā)生在約90%的PDAC中，其中純合子缺失是常見(jiàn)的途徑之一。此次研究證實(shí)了BxPC3和PANC1中CDKN2A的純合子缺失，發(fā)現(xiàn)缺失兩側(cè)相鄰CD之間的相互作用顯著增強(qiáng)，形成融合CD，相鄰CD區(qū)域之間的內(nèi)部相互作用也顯著增強(qiáng)。發(fā)現(xiàn)CDKN2A、CDKN2B和MTAP（缺失區(qū)域的基因）的表達(dá)幾乎消失了，而MIR31HG和LINC01239（缺失區(qū)域兩側(cè)的基因）的表達(dá)被顯著上調(diào)。發(fā)現(xiàn)MIR31HG表達(dá)高患者的生存率顯著縮短（圖5e），與MIR31HG在PDAC中的致癌作用一致。該研究揭示了CDKN2A純合子缺失對(duì)三維基因組結(jié)構(gòu)和基因表達(dá)的影響，為了解CDKN2A失活以推動(dòng)PDAC的發(fā)生和發(fā)展提供了新的見(jiàn)解。

CDKN2A純合子缺失部分通過(guò)伴隨的相鄰基因組擴(kuò)增和CD融合與MIR31HG上調(diào)有關(guān)

6、PDAC驅(qū)動(dòng)基因SMAD4缺失對(duì)三維基因組和基因表達(dá)的影響

SMAD4是PDAC的一個(gè)關(guān)鍵驅(qū)動(dòng)基因，已知在約55%的胰腺癌中丟失，純合子缺失占這些病例的約30%。通過(guò)三代測(cè)序技術(shù)和Hi-C方法驗(yàn)證了BxPC3中的SMAD4純合子缺失。涉及SMAD4基因的交叉CDB缺失雙方之間的相互作用沒(méi)有增強(qiáng)，分析BxPC3中第18號(hào)染色體的相互作用熱圖，并發(fā)現(xiàn)了幾種增強(qiáng)的遠(yuǎn)端異位相互作用。這些不尋常的遠(yuǎn)程區(qū)域主要與三個(gè)大型缺失點(diǎn)有關(guān)，包括SMAD4缺失區(qū)域。BxPC3中SMAD4的純合子丟失和18號(hào)染色體上的多次缺失會(huì)導(dǎo)致巨大、復(fù)雜的染色體重排，包括反轉(zhuǎn)和易位。CD可以減少?gòu)?fù)雜染色體重排造成的3D基因組組織的破壞，保持染色質(zhì)的基本結(jié)構(gòu)，并穩(wěn)定CD中基因的表達(dá)。確定了與18號(hào)染色體上SMAD4缺失相關(guān)的復(fù)雜染色體重排，并揭示了它們對(duì)3D基因組組織和相關(guān)基因表達(dá)的影響。

PDAC中SMAD4缺失相關(guān)的復(fù)雜基因組重排與三維基因組變化

總結(jié)

三代測(cè)序和高通量染色質(zhì)構(gòu)象捕獲技術(shù)（Hi-C）的快速發(fā)展和應(yīng)用，越來(lái)越多的證據(jù)表明，SV和3D基因組在腫瘤發(fā)生和發(fā)育中起著關(guān)鍵作用。建立SV和3D基因組結(jié)構(gòu)的特征，并表征它們?cè)赑DAC中的動(dòng)態(tài)相互作用，闡明了兩個(gè)關(guān)鍵驅(qū)動(dòng)基因CDKN2A和SMAD4的純合子缺失對(duì)3D染色質(zhì)折疊結(jié)構(gòu)域的影響，以及相關(guān)基因在PDAC的致癌和進(jìn)展中的表達(dá)，這項(xiàng)研究為全面理解SV在胰腺癌發(fā)生和發(fā)展中的功能和致病機(jī)制提供了新的空間視角?；诟呔S基因組學(xué)的研究將有助于識(shí)別PDAC新的分子標(biāo)記物或潛在靶點(diǎn)，這對(duì)提高預(yù)后極差的PDAC的治療挑戰(zhàn)具有重要的現(xiàn)實(shí)意義。

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發(fā)表時(shí)間：2022.10.8

發(fā)表期刊：Lipids in Health and Disease

研究背景

在全球范圍內(nèi)，肥胖是一個(gè)日益嚴(yán)重的健康問(wèn)題。其發(fā)病率逐年增加。肥胖會(huì)導(dǎo)致許多并發(fā)癥，包括心血管疾病、中風(fēng)、肝硬化和糖尿病。因此，新的預(yù)防性治療策略對(duì)于降低肥胖發(fā)病率至關(guān)重要。肥胖的原因包括多種原因，包括環(huán)境和遺傳因素。然而，個(gè)體似乎對(duì)肥胖表現(xiàn)出不同程度的易感性。高脂飲食有助于 C57BL/6 模型小鼠的肥胖或肥胖抵抗。盲腸或新鮮糞便中的微生物群和血液或尿液中的代謝物有助于肥胖抵抗；然而，小腸中的微生物群或代謝物尚未得到廣泛研究。因此，該研究旨在調(diào)查小腸中肥胖/肥胖抵抗的不同潛在新型生物標(biāo)志物。

技術(shù)路線

主要結(jié)果

1.肥胖/肥胖抵抗的主要指標(biāo)

高脂飼料喂養(yǎng)8周后，單籠飼養(yǎng)4周，高脂飲食誘發(fā)的肥胖組(HFDOP)小鼠體重和Lee‘s指數(shù)持續(xù)增加，而肥胖抵抗組(HFDOR)小鼠體重和Lee’s指數(shù)持續(xù)增加。然而，HFDOP和HFDOR小鼠的平均每日飼料和能量攝入量沒(méi)有顯著差異(圖1B、C)。高脂飲食組與高脂飲食組小鼠體重和Lee‘s指數(shù)有統(tǒng)計(jì)學(xué)差異。HFDOP組的空腹血糖水平高于HFDOR組和LFD組(圖1G)。HFDOP組的肝臟重量、總脂肪和總內(nèi)臟脂肪的重量顯著高于LFD組(圖1H-J).

然而，HFDOR組的肝臟、總脂肪和總內(nèi)臟脂肪的重量顯著低于HFDOP組(圖1H-J)。HFDOP組AST、ALT、HDL、LDL、TG和TC水平較LFD組顯著升高(圖3K-P)。然而，HFDOR組的AST、ALT、高密度脂蛋白、低密度脂蛋白和甘油三酯水平顯著低于HFDOP組(圖3K-O)。盡管HFDOR組的TC水平低于HFDOP組，但差異無(wú)統(tǒng)計(jì)學(xué)意義。

圖1.肥胖/肥胖抵抗小鼠的主要指標(biāo)

2.肥胖抵抗與抑郁無(wú)關(guān)

為了排除抑郁和焦慮樣行為對(duì)肥胖抵抗的影響，在16周結(jié)束時(shí)進(jìn)行了自發(fā)開(kāi)場(chǎng)活動(dòng)實(shí)驗(yàn)和高架十字迷宮實(shí)驗(yàn)。開(kāi)場(chǎng)實(shí)驗(yàn)結(jié)果如圖2A-C所示。HFDOP組進(jìn)入中心區(qū)域的次數(shù)和進(jìn)入該區(qū)域的次數(shù)顯著低于LFD組(圖2B、C)。HFDOR 組比 HFDOP 組更遠(yuǎn)地進(jìn)入中心區(qū)域并且更頻繁地進(jìn)入該區(qū)域(圖2B、C)。高架十字迷宮實(shí)驗(yàn)表明，與LFD組相比，HFDOP組進(jìn)入開(kāi)臂的次數(shù)和頻率都要少得多(圖3E、F)。HFDOR組比HFDOP組開(kāi)臂走得更遠(yuǎn)，但兩組之間沒(méi)有統(tǒng)計(jì)學(xué)意義。HFDOR組比HFDOP組更頻繁地進(jìn)入開(kāi)臂(圖3F)。

圖2.肥胖/肥胖抵抗小鼠對(duì)抑郁和焦慮樣行為測(cè)試

3.肥胖/肥胖抵抗與小腸菌群和代謝產(chǎn)物有關(guān)

使用全長(zhǎng)16S微生物多樣性測(cè)序和非靶向代謝組學(xué)方法檢測(cè)了小腸內(nèi)容物。HFDOP組的Muribaculaceae、Faecalibaculum、Desulfovibrio和 Lachnospiraceae的相對(duì)豐度高于 LFD 和 HFDOR 組，但差異無(wú)統(tǒng)計(jì)學(xué)意義。LFD對(duì)照組和HFDOR組Clostridium和Lactobacillus的相對(duì)豐度高于 HFDOP 組，但只有梭狀芽胞桿菌水平的差異具有統(tǒng)計(jì)學(xué)意義。

小腸內(nèi)容物非靶向代謝組學(xué)的結(jié)果如圖3C-E 所示，PLS-DA 分析表明 HFDOR 和 HFDOP 組之間的明顯分離（圖3C）。在小腸內(nèi)容物中共檢測(cè)到 314 種差異代謝物（圖3D）。相關(guān)性分析表明，Desulfovibrio、Bifidobacterium和Gemella都與 PC、DG 和膽酸葡糖苷酸呈正相關(guān)，而與維生素 A、dCMP、肉桂醇、5-HT 和肉桂酸葡糖苷酸呈負(fù)相關(guān)（圖3E）。Clostridium_sensu_stricto_1 和 Ralstonia 與維生素 A、dCMP、肉桂醇、5-HT、1 H-吲哚-3-乙酰胺和氫化肉桂酸呈正相關(guān)，與 PC、PE、TG、DG、neuromedin N、腦啡肽 L 和膽固醇葡糖苷酸呈負(fù)相關(guān)（圖 4）。

圖3.小腸菌群和代謝物中肥胖/肥胖抵抗的差異生物標(biāo)志物

圖4. 小腸微生物群與代謝物的 Spearman 相關(guān)性分析

4.肥胖/肥胖抵抗力的小鼠在空腸中表現(xiàn)出不同的轉(zhuǎn)錄水平

為了進(jìn)一步探討肥胖/肥胖抵抗的原因，研究者運(yùn)用全長(zhǎng)轉(zhuǎn)錄組測(cè)序技術(shù)檢測(cè)空腸組織中的基因轉(zhuǎn)錄水平。共鑒定出1645個(gè)差異表達(dá)基因(750個(gè)上調(diào)，895個(gè)下調(diào))，其中331個(gè)差異表達(dá)顯著。在331個(gè)顯著差異表達(dá)基因中中，有30個(gè)基因在11條KEGG通路中被富集。富集的基因和10條最豐富的KEGG途徑如圖所示，這些基因在絲裂原活化蛋白激酶(MAPK)、細(xì)胞因子和磷脂酰肌醇3’激酶/蛋白激酶B(PI3K/Akt)信號(hào)通路中顯著豐富(圖6C)。用qPCR分別驗(yàn)證了差異表達(dá)基因。Tgfb2、Spp1、Pck 1、Cxcl10和Epha7表現(xiàn)出一致的mRNA表達(dá)模式(圖6B，D-H)。

圖6.空腸中肥胖/肥胖抵抗的不同轉(zhuǎn)錄水平

5.差異表達(dá)基因與代謝物或微生物群的相關(guān)性分析

進(jìn)一步進(jìn)行了DEGs和微生物的Spearman相關(guān)性分析。結(jié)果表明，esulfovibrio, Bifidobacterium和Gemella與CxCl10呈正相關(guān)，與SGK1、ANGPTL4和GDF15呈負(fù)相關(guān)。

Clostridium_sensu_stricto_1 和 Ralstonia 與 Igfbp6 和 Gdf15 呈正相關(guān)，與 Epha7、Pck1和Cxcl10 呈負(fù)相關(guān)。此外，Defa21和Defa22與uncultured_bacterium_f_Muribaculaceae呈負(fù)相關(guān)(圖7A)。DEGs與代謝物的相關(guān)分析結(jié)果表明，H-吲哚-3-乙酰胺與Igfbp6和Inhbb水平呈顯著正相關(guān)，與Epha7呈負(fù)相關(guān)。代謝產(chǎn)物5-羥色胺與SGK1呈顯著正相關(guān)。維生素A、肉桂醇和氫肉桂酸與GDF15呈顯著正相關(guān)，與CxCl10呈負(fù)相關(guān)。代謝產(chǎn)物PC、PE、TG、DG、腦啡肽L、NeuroMedin N、膽酸葡萄糖醛酸苷和膽固醇葡萄糖醛酸苷與CxCl10、Pck 1、Epha7和Tgfb2呈顯著正相關(guān)，與Inhbb、Igfbp6、S100a14、GDF15、ANGPTL4和SGK1呈負(fù)相關(guān)(圖7B)。

圖7.差異表達(dá)基因與腸道菌群和代謝物的 Spearman 相關(guān)性分析 A.差異表達(dá)基因與小腸菌群相關(guān)性分析； B 差異表達(dá)基因與小腸代謝物相關(guān)性分析。

總結(jié)

綜上所述，腸道菌群、腸道代謝產(chǎn)物和腸道基因相互作用。腸道微生物群Clostridium、Desulfovibrio和Lachnospiraceae可直接作用于腸粘膜，其代謝產(chǎn)物5-羥色胺(5-HT)、腦啡肽L和神經(jīng)介素N可能調(diào)節(jié)神經(jīng)系統(tǒng)并將信號(hào)傳遞給大腦。因此，“微生物-腸道-大腦”軸可能與肥胖抵抗有關(guān)。此外，Cxcl10也是HFD誘導(dǎo)的ENS損傷的潛在靶點(diǎn)。未來(lái)預(yù)防和治療肥胖的目標(biāo)可能包括5-羥色胺、腦啡肽L和神經(jīng)介素N、肉桂醇和1H-吲哚-3-乙酰胺。益生菌補(bǔ)充劑，特別是梭狀芽孢桿菌，可能有助于治療肥胖患者或預(yù)防肥胖。

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隨著高通量測(cè)序技術(shù)的發(fā)展，組學(xué)（Omics）研究不斷深入，通過(guò)對(duì)各組學(xué)進(jìn)行高通量測(cè)序并對(duì)數(shù)據(jù)整合研究，可以全面和系統(tǒng)地了解基礎(chǔ)研究、分子育種、臨床診斷和藥物研發(fā)等領(lǐng)域中多種物質(zhì)的相互關(guān)系。為網(wǎng)絡(luò)生物學(xué)、系統(tǒng)生物學(xué)的研究提供重要的技術(shù)手段。

隨著動(dòng)物基因組數(shù)據(jù)的積累，研究者開(kāi)始整合分析代謝組學(xué)與基因組、轉(zhuǎn)錄組、表型組、表觀組數(shù)據(jù)，嘗試構(gòu)建出“遺傳標(biāo)記或基因-代謝分子-表型”的關(guān)系網(wǎng)絡(luò)，從而篩選相關(guān)的生物標(biāo)記，同時(shí)進(jìn)一步解析相關(guān)性狀的遺傳機(jī)制。多組學(xué)技術(shù)應(yīng)用于篩選到的基因和代謝物作為生物標(biāo)志物，應(yīng)該于標(biāo)記輔助選擇中提供選擇的準(zhǔn)確性。

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代謝組學(xué)+微生物學(xué)

在腸道中，微生物與宿主之間進(jìn)行密切的信息交流，在代謝、免疫、神經(jīng)系統(tǒng)調(diào)控中起重要作用。不同組成的微生物能影響機(jī)體體重、消化功能、抵御感染和自身免疫疾病的患病風(fēng)險(xiǎn)，此外，還能影響機(jī)體對(duì)藥物的反應(yīng)。這些腸道微生物主要通過(guò)小分子的代謝物與宿主進(jìn)行密切的相互作用。微生物的代謝組學(xué)可發(fā)現(xiàn)腸道微生物隨宿主病理生理變化的關(guān)鍵代謝物，為微生物組-宿主互作機(jī)制研究提供線索。通過(guò)微生物組+代謝組聯(lián)合分析，可以對(duì)微生物與代謝物之間的相互關(guān)系進(jìn)行研究，如微生物菌群與其生存環(huán)境的關(guān)系，代謝物對(duì)微生物穩(wěn)態(tài)的影響，菌群改變?cè)趶?fù)雜疾病中的作用機(jī)理，微生物菌群的生理作用與其代謝產(chǎn)物及其代謝功能之間的相互作用關(guān)系及微生物菌群參與的多種代謝調(diào)控途徑等。在宿主生理、疾病病理、藥物藥理等方面具有良好的應(yīng)用前景。

代謝組學(xué)+轉(zhuǎn)錄組學(xué)

代謝組是生物體發(fā)育和生理狀態(tài)在代謝水平的體現(xiàn)，是基因組與表型組之前的橋梁，差異積累的代謝物可以輔助時(shí)序表達(dá)的眾多基因進(jìn)行“共表達(dá)”分析，提示基因功能，研究分子生化機(jī)制，將基因與表型聯(lián)系起來(lái)。

轉(zhuǎn)錄組+代謝組的多組學(xué)分析，可以同時(shí)實(shí)現(xiàn)從“因”和“果”兩個(gè)層面來(lái)探究生物學(xué)問(wèn)題，可以從大量轉(zhuǎn)錄本信息中快速鑒定代謝相關(guān)的功能基因，構(gòu)建核心調(diào)控網(wǎng)絡(luò)，找出關(guān)鍵候選基因，闡述生物學(xué)現(xiàn)象。

代謝組學(xué)+蛋白質(zhì)組學(xué)

代謝組學(xué)目的是系統(tǒng)研究代謝中涉及的化學(xué)過(guò)程；蛋白質(zhì)作為酶可以調(diào)控生物體代謝過(guò)程，影響生物體內(nèi)代謝物濃度。通過(guò)整合分析。一方面可以結(jié)合兩個(gè)組學(xué)的分析結(jié)果，進(jìn)行相互驗(yàn)證，提高后續(xù)實(shí)驗(yàn)驗(yàn)證成功率；另一方面也有助于相互補(bǔ)充，并且使研究更加系統(tǒng)。

實(shí)現(xiàn)對(duì)生物變化大趨勢(shì)與方向的綜合了解，提出分子生物學(xué)變化機(jī)制模型，并篩選出重點(diǎn)代謝通路相關(guān)的蛋白質(zhì)或者代謝產(chǎn)物，從而為后續(xù)進(jìn)行深入實(shí)驗(yàn)與分析提供數(shù)據(jù)基礎(chǔ)。

多組學(xué)關(guān)聯(lián)分析文獻(xiàn)案例一

Integration analysis of metabolome and transcriptome profiles revealed the?age-dependent dynamic change in chicken meat.Food Research International (IF=6.475) 2022年6月代謝組和轉(zhuǎn)錄組的整合分析揭示不同生長(zhǎng)發(fā)育時(shí)期雞的肉質(zhì)依賴(lài)性動(dòng)態(tài)變化

研究方案

材料：選擇20頭泌乳中期奶牛，連續(xù)8周添加20 g m/d的RPM，

方法：宏基因組測(cè)序+非靶代謝組檢測(cè)

研究背景

雞胸肉含有不飽和脂肪酸和較低的脂肪、鈉和膽固醇，是大家最喜歡肉類(lèi)之一。近年來(lái)，隨著人們對(duì)食品營(yíng)養(yǎng)價(jià)值和自身健康的重視，研究者們開(kāi)始致力于如何提高肉類(lèi)質(zhì)量的研究，而生長(zhǎng)時(shí)期是影響雞肉質(zhì)量的重要因素，但不同時(shí)期哪些特定代謝物積累是影響雞肉品質(zhì)的關(guān)鍵還不清楚。本研究使用代謝組和轉(zhuǎn)錄組技術(shù)，確定了特定代謝物積累的關(guān)鍵基因，有助于了解肉類(lèi)質(zhì)量發(fā)展下的生物過(guò)程，并探索特定代謝物積累的有價(jià)值的生物標(biāo)志物。

技術(shù)路線

 

主要研究結(jié)論

隨著日齡的增長(zhǎng)，十五烷酸、硬脂酸、肌酸、肌肽、IMP、L-組氨酸和賴(lài)亮氨酸呈上升趨勢(shì)，而鵝氨酸、DHA、天冬氨酸、LPA 18:1和 LPI 18:1隨著日齡的增長(zhǎng)而下降。

雞胸肉代謝受日齡影響的主要途徑是果糖和甘露糖代謝、花生四烯酸代謝、甾體激素生物合成、核黃素代謝、不飽和脂肪酸生物合成和亞油酸代謝。

代謝組和轉(zhuǎn)錄組的整合分析揭示了影響化學(xué)成分和代謝途徑的潛在功能基因，例如DGAT2、CYP2D6、APOV1、PLTP、PNMT。這些結(jié)果將有助于了解肉質(zhì)發(fā)展的生物學(xué)過(guò)程，并探索特定代謝物積累中有價(jià)值的生物標(biāo)志物。

多組學(xué)關(guān)聯(lián)分析文獻(xiàn)案例案例二

Interaction Between the Intestinal Microbial Community and Transcriptome?Profile in Common Carp (Cyprinus carpio L.).Frontiers in microbiology(IF 6.064),2021年4月

微生物和轉(zhuǎn)錄組聯(lián)合分析解析鯉魚(yú)腸道菌群與轉(zhuǎn)錄組水平的相互作用

研究方案

材料：黃河鯉新品系（中國(guó)水產(chǎn)科學(xué)院淡水漁業(yè)研究中心）和傳統(tǒng)黃河鯉，水池中單獨(dú)喂養(yǎng)。

方法：轉(zhuǎn)錄組＋16s微生物多樣性

研究背景

近年來(lái)，腸道微生物對(duì)宿主生產(chǎn)性能的影響受到廣泛關(guān)注。宿主的生產(chǎn)性能可以通過(guò)調(diào)節(jié)腸道微生物結(jié)構(gòu)來(lái)調(diào)節(jié)，而腸道微生物結(jié)構(gòu)又主要受遺傳和飼料的影響，腸道微生物也能影響宿主的基因表達(dá)和甲基化水平。研究發(fā)現(xiàn)約10%的宿主轉(zhuǎn)錄組受微生物調(diào)節(jié)，主要包括免疫、細(xì)胞增殖和代謝功能相關(guān)基因。腸道微生物與宿主基因表達(dá)之間的相互作用機(jī)制會(huì)影響飲食行為、消化過(guò)程、免疫功能和其他生理現(xiàn)象。一天中微生物的活動(dòng)會(huì)改變宿主的生物節(jié)律、表觀遺傳學(xué)和代謝產(chǎn)物。當(dāng)微生物群落內(nèi)穩(wěn)態(tài)的節(jié)律被破壞時(shí)，宿主的正常染色質(zhì)和基因表達(dá)水平將發(fā)生變化，腸-肝軸基因表達(dá)的新機(jī)制將被激活，這種相互作用主要通過(guò)腦和肝的遠(yuǎn)程控制模式實(shí)現(xiàn)。因此，作者運(yùn)用轉(zhuǎn)錄組和微生物多樣性聯(lián)合分析來(lái)解析新黃河鯉品種的腸道微生物群通過(guò)調(diào)節(jié)腸道基因表達(dá)影響其生長(zhǎng)性能的方式，以此為黃河鯉新品種的選育提供參考。

技術(shù)路線

不同品種鯉魚(yú)腸道轉(zhuǎn)錄組與腸道微生物多樣性研究思路導(dǎo)圖

主要研究結(jié)果

腸道細(xì)菌群落結(jié)構(gòu)與生長(zhǎng)性能的關(guān)系：測(cè)量了黃河鯉新品四個(gè)生長(zhǎng)性能參數(shù)（體重、長(zhǎng)度、寬度和深度）。對(duì)照組的所有參數(shù)均比對(duì)照組顯著提高：重量14.58%，深度7.14%，寬度5.04%，長(zhǎng)度5.07%。為了評(píng)估黃河鯉新品種的生長(zhǎng)性能是否與其腸道菌群有關(guān)，將實(shí)驗(yàn)組和對(duì)照組在相似的生長(zhǎng)環(huán)境中進(jìn)行培養(yǎng)，并探討其腸道細(xì)菌群落結(jié)構(gòu)的差異。多樣性分析結(jié)果顯示實(shí)驗(yàn)組的平均OTU豐富度（322.80±67.87）高于對(duì)照組（303.00±53.00）。實(shí)驗(yàn)組和對(duì)照組共鑒定出94個(gè)共有的細(xì)菌類(lèi)群。PCA 分析和系統(tǒng)發(fā)育樹(shù)將所有樣本分為兩部分，表明實(shí)驗(yàn)組和對(duì)照組是可明顯區(qū)分的。在屬水平上對(duì)細(xì)菌組成（相對(duì)豐度）進(jìn)行分析，結(jié)果表明氣單胞菌（Aeromonas）是對(duì)照組的優(yōu)勢(shì)類(lèi)群，其次是厚壁菌（Firmicutes）和玫瑰單胞菌（Roseomonas），而實(shí)驗(yàn)組中，玫瑰單胞菌（Roseomonas）是優(yōu)勢(shì)類(lèi)群，其次是厚壁菌（Firmicutes），然后是氣單胞菌（Aeromonas）。結(jié)果表明這兩個(gè)群體的細(xì)菌群落結(jié)構(gòu)是不同的，這意味著宿主（黃河鯉魚(yú)新品種）基因組與微生物組相互作用，以選擇某些微生物類(lèi)群，暗示腸道菌群組成會(huì)影響鯉魚(yú)的生長(zhǎng)性能。

實(shí)驗(yàn)組和對(duì)照組之間的差異基因表達(dá)：使用與16S測(cè)序相同的樣本對(duì)黃河鯉新品種（實(shí)驗(yàn)組）和對(duì)照組中的轉(zhuǎn)錄組進(jìn)行測(cè)序并鑒定差異基因（DEG）。在249個(gè)顯著DEGs中，194個(gè)基因表達(dá)下調(diào)，55個(gè)基因表達(dá)上調(diào)。通過(guò)GO注釋?zhuān)@些基因被分為以下功能類(lèi)別：生物調(diào)節(jié)、細(xì)胞過(guò)程、解毒作用、發(fā)育過(guò)程、免疫系統(tǒng)進(jìn)程等（都屬于生物過(guò)程）；細(xì)胞、細(xì)胞部分、胞外區(qū)域、胞外區(qū)域部分、大分子復(fù)合物等（細(xì)胞成分）；抗氧化活性、結(jié)合活性、催化活性、分子功能調(diào)節(jié)器上等（分子功能）。聚類(lèi)分析表明，實(shí)驗(yàn)組和對(duì)照組具有不同的特征，DEG分為四個(gè)部分，大部分基因注釋到了免疫相關(guān)途徑。

與腸道細(xì)菌群落組成相關(guān)的差異表達(dá)基因：Pearson相關(guān)性用于推斷微生物屬級(jí)群落組成與DEGs之間的關(guān)系，共探索了2892對(duì)，包括245個(gè)基因和256個(gè)屬。篩選出來(lái)細(xì)菌群落具有屬級(jí)關(guān)系的前10個(gè)候選基因，其中許多參與免疫反應(yīng)，如H-2類(lèi)組織相容性抗原、類(lèi) E-Sβ鏈（H2-Eb1）、類(lèi)胸苷磷酸化酶（TYMP）、干擾素誘導(dǎo)蛋白44（IFI44）和主要組織相容性復(fù)合物I類(lèi)相關(guān)基因蛋白樣（MR1）等。DNA修復(fù)蛋白R(shí)AD51同源物4（Rad51d）、ETS易位變異體5、轉(zhuǎn)錄本變異體X2（Etv5）和著絲粒蛋白Spc24（Spc24）與細(xì)胞分化和生長(zhǎng)性能相關(guān)，這些基因可能在黃河鯉魚(yú)新品種生長(zhǎng)性能中發(fā)揮關(guān)鍵作用。總而言之，腸道細(xì)菌可以影響腸道中的基因表達(dá)，其中優(yōu)勢(shì)種或細(xì)菌結(jié)構(gòu)可能反映宿主黃鯉魚(yú)新品種的遺傳特征。腸道的細(xì)菌-基因表達(dá)譜有助于宿主腸道的健康和性能，通過(guò)與基因頻率配對(duì)確定前10個(gè)屬為：Bordetella,Lutispora,Methylocystis,Ohtaekwangia,Roseomonas,Shewanella,GpVI,Desulfovibrio,Candidatus_Berkiella and Azorhizobium，其中，Methylocystis數(shù)量最多，在甲烷循環(huán)中起作用。該研究提出了腸道細(xì)菌群落與基因表達(dá)相互作用的證據(jù)，共探索了2892對(duì)（屬級(jí)基因和細(xì)菌），包括245個(gè)基因256個(gè)屬。作者發(fā)現(xiàn)大多數(shù)基因涉及免疫學(xué)、細(xì)菌群落和細(xì)胞分化，其中大多數(shù)位于免疫相關(guān)信號(hào)通路中。該研究表明黃河鯉新品種生長(zhǎng)性能的改善可能與其免疫反應(yīng)的改善及其在腸道細(xì)菌結(jié)構(gòu)中的相互作用有關(guān)。

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本次我們給大家?guī)?lái)三篇利用多組學(xué)工具助力植物品質(zhì)性狀（色澤、氣味、味道等）調(diào)控機(jī)理研究的高分文章解讀，希望能給老師后續(xù)的研究提供思路。

轉(zhuǎn)錄組+蛋白組

• 轉(zhuǎn)錄組代表了基因表達(dá)的中間狀態(tài),可以反映諸如轉(zhuǎn)錄調(diào)控、轉(zhuǎn)錄后調(diào)控的機(jī)理。蛋白質(zhì)是生物體直接的功能執(zhí)行者，反映了生物體的狀況。 轉(zhuǎn)錄組學(xué)和蛋白質(zhì)組學(xué)聯(lián)合分析能夠真正觀察到mRNA-蛋白質(zhì)關(guān)聯(lián)性，充分利用轉(zhuǎn)錄組和蛋白質(zhì)組研究的差異性和互補(bǔ)性，對(duì)基因的表達(dá)水平進(jìn)行衡量，以獲得基因表達(dá)各個(gè)步驟表達(dá)和調(diào)控的全景圖，發(fā)掘常規(guī)單個(gè)組學(xué)未能發(fā)現(xiàn)的新結(jié)果。全面探究生物體疾病機(jī)理、脅迫機(jī)制，研究重要基因的表達(dá)模式和調(diào)控機(jī)理。

轉(zhuǎn)錄組+代謝

• 轉(zhuǎn)錄組的表達(dá)不能直接證明表型是否發(fā)生變化，但是表型性狀的微小變化在代謝水平會(huì)呈指數(shù)放大，可以利用代謝組來(lái)反映表型的狀態(tài)變化，但是單獨(dú)代謝組檢測(cè)，無(wú)法解釋影響表型的基因機(jī)理。轉(zhuǎn)錄組+代謝組的多組學(xué)分析，可以同時(shí)實(shí)現(xiàn)從“因”和“果”兩個(gè)層面來(lái)探究生物學(xué)問(wèn)題，相互間進(jìn)行驗(yàn)證，從海量的數(shù)據(jù)中篩選出關(guān)鍵基因、代謝物及代謝通路，深度解析生物系統(tǒng)的宏觀發(fā)育過(guò)程，解釋生物過(guò)程的復(fù)雜性和整體性，提高文章的水平。

品質(zhì)性狀研究方案流程圖

多組學(xué)研究在植物領(lǐng)域中的應(yīng)用案例1、全長(zhǎng)轉(zhuǎn)錄組和代謝組聯(lián)合分析揭示了牡丹花黃色色素沉著的調(diào)控機(jī)制

英文標(biāo)題：Integrating full-length transcriptomics and metabolomics reveals the regulatory mechanisms underlying yellow pigmentation in tree peony (Paeonia suffruticosa Andr.)flowers

期刊：Horticulture Research

影響因子：7.291（2021年11月）

研究策略：全長(zhǎng)轉(zhuǎn)錄組+靶向代謝組

Doi：10.1038/s41438-021-00666-0

實(shí)驗(yàn)設(shè)計(jì)

實(shí)驗(yàn)材料：黃花品種“海黃”和紫紅色花品種“肉芙蓉”牡丹花瓣。

實(shí)驗(yàn)方法：分別選取五個(gè)不同開(kāi)花階段（S1：第1階段，無(wú)色緊芽；S2：第2階段，輕微著色的軟芽；S3：第3階段，最初開(kāi)花；S4：第4階段，半開(kāi)花；S5：第5階段，花藥外露，完全開(kāi)放并著色。）；驗(yàn)證實(shí)驗(yàn)：qRT-PCR 、亞細(xì)胞定位、過(guò)表達(dá)、雙熒光素酶系統(tǒng)。

測(cè)序策略：全長(zhǎng)轉(zhuǎn)錄組測(cè)序（PB平臺(tái)）+ 二代轉(zhuǎn)錄組測(cè)序 + 黃酮靶向代謝組學(xué)

技術(shù)路線

研究?jī)?nèi)容

為表征樹(shù)牡丹花色發(fā)育情況，以黃花品種“海黃”和紫紅花品種“肉芙蓉”為研究對(duì)象，在花蕾早期至盛開(kāi)的S1-S5共5個(gè)發(fā)育階段對(duì)兩個(gè)品種的花瓣組織進(jìn)行了取樣，用于測(cè)定花瓣顏色指數(shù)，在“海黃”中發(fā)現(xiàn)L *（明度）值從S1到S5逐漸增加，這表示花瓣顏色明度升高。C *（色度）和b *（黃色）在S3達(dá)到峰值，隨后在S4和S5下降，證明S3是顏色最黃的階段。而“肉芙蓉”在整個(gè)開(kāi)花過(guò)程中沒(méi)有觀察到L *的顯著變化。在S1到S5階段，“肉芙蓉”中b *顯著低于“海黃”。同樣，“肉芙蓉”中a *（紅色）比“海黃”要高得多。

之后作者采用靶向代謝組技術(shù)測(cè)定了花瓣中的黃酮含量，“海黃”中靶向黃酮類(lèi)化合物在S1至S3階段顯著增加，然后在S4和S5略微下降。在S3-S5開(kāi)花后期階段，THC的含量顯著高于其他黃酮類(lèi)化合物。Ap和Km在五個(gè)開(kāi)花階段都有相似的黃酮含量。在整個(gè)開(kāi)花過(guò)程中，“海黃”中沒(méi)有檢測(cè)到花青素。相比之下，在“肉芙蓉”中檢測(cè)到了三種花青素，其中主要是芍藥素3-O-葡糖苷（Pn3G），在S5階段達(dá)到高水平，說(shuō)明Pn3G可能有助于紫紅色著色。與“海黃”相比，THC、Is、Ap含量在前4個(gè)階段快速上升，在S5階段下降，變化范圍比花葵素3-O-葡糖苷（Pg3G）的變化范圍相對(duì)較小。相反，Lu、Km、Qu、花青素3-O-葡糖苷（Cy3G）的含量沒(méi)有明顯的變化，推測(cè)這些組分可能對(duì)于紫紅色著色沒(méi)有顯著影響。

全長(zhǎng)轉(zhuǎn)錄組分析結(jié)果顯示，“海黃”黃酮類(lèi)生物合成基因在S2階段比“肉芙蓉”表達(dá)水平高，分別為PsCHSs和PsCHIs，PsCHS在合成THCs中有重要作用，而PsCHI在黃酮合成過(guò)程中發(fā)揮關(guān)鍵作用，這有助于黃色著色，此外，注釋為PsF3Hs的基因也有很高的轉(zhuǎn)錄水平。在這些基因中，PsFLS可以改變黃酮類(lèi)途徑，以促進(jìn)黃酮醇的合成?！昂｜S”和“肉芙蓉”中這些表達(dá)的變化與“海黃”中高水平的THC、黃酮和黃酮醇一致。S2 vs?S3階段，發(fā)現(xiàn)“海黃”中PsDFRs和PsUFGTs表達(dá)水平顯著下調(diào)，PsDFR和PsUFGT在花青素合成中起關(guān)鍵作用，如Cy3G，Pn3G和Pg3G的生物合成。因此，PsDFRs和PsUFGTs在“海黃”表達(dá)下調(diào)可以解釋這種黃色花卉品種中缺乏花青素的產(chǎn)生。

TF分析顯示調(diào)節(jié)黃酮類(lèi)生物合成的TF基因都在具有黃色花的“海黃”品種中上調(diào)，MYB和bHLH是調(diào)節(jié)植物黃酮類(lèi)生物合成的關(guān)鍵轉(zhuǎn)錄因子TFs。該研究鑒定了幾個(gè)差異表達(dá)的MYB和bHLH轉(zhuǎn)錄因子，每一個(gè)都與牡丹黃酮類(lèi)的產(chǎn)生有關(guān)。其中，PsMYB4被鑒定為具有bHLH相互作用位點(diǎn)的負(fù)黃酮類(lèi)調(diào)節(jié)劑，這意味著它們可能形成一個(gè)復(fù)雜的負(fù)調(diào)控網(wǎng)絡(luò)。研究發(fā)現(xiàn)PsMYB111通過(guò)單獨(dú)調(diào)節(jié)PsFLS促進(jìn)黃酮醇的積累。此外，PsMYB4和PsEGL3可能形成復(fù)合物負(fù)調(diào)控部分結(jié)構(gòu)基因，而PsSPL9可能單獨(dú)負(fù)調(diào)控PsDFR，抑制花青素的產(chǎn)生，降低藍(lán)色著色。

亞細(xì)胞定位分析與轉(zhuǎn)基因?qū)嶒?yàn)結(jié)果進(jìn)一步驗(yàn)證了上述基因的關(guān)鍵作用：亞細(xì)胞定位分析顯示PsMYB111定位于細(xì)胞核，表明PsMYB111可能在細(xì)胞核中發(fā)揮TF的作用。PsMYB111在煙草中的過(guò)表達(dá)使其花顏色由玫瑰紅變?yōu)闇\粉色。轉(zhuǎn)基因煙草株系中Km、Qu等黃酮醇含量顯著增加，而Pg3G、Pn3G等花青素含量顯著降低，證實(shí)了其在黃色牡丹花著色中的作用。此外，在GhMYB1a過(guò)表達(dá)的轉(zhuǎn)基因煙草株系中，NtCHS、NtF3H和NtFLS的表達(dá)顯著上調(diào)，GhMYB1a顯著激活了非洲菊GhDFR和GhMYB10的NtCHS和NtFLS啟動(dòng)子。同樣，PsMYB111對(duì)PsCHS和PsFLS啟動(dòng)子，尤其是PsFLS有顯著的激活作用。

牡丹黃色素沉淀調(diào)控機(jī)制

多組學(xué)研究在植物領(lǐng)域中的應(yīng)用案例2、多組學(xué)聯(lián)合解析突尼斯軟籽石榴揮發(fā)性風(fēng)味物質(zhì)生物合成機(jī)制

英文標(biāo)題：Transcription profile analysis for biosynthesis of flavor volatiles of Tunisian soft-seed pomegranate arils ??????

期刊（IF）：Food Research International

影響因子：7.425（2022年4月）

研究策略：轉(zhuǎn)錄組學(xué)+非靶代謝組（GC-MS）+生理指標(biāo)測(cè)定

Doi：10.1016/j.foodres.2022.111304

實(shí)驗(yàn)設(shè)計(jì)

實(shí)驗(yàn)材料：分別采集來(lái)自云南大理市(Y_DTN)、云南麗江市(Y_LTN)、云南建水縣(Y_JTN)、云南曲靖市(Y_QTN)、四川會(huì)理市(S_DHT)和攀枝花市(S_PTN)以及河南滎陽(yáng)市(H_HYT)共7個(gè)不同產(chǎn)區(qū)的石榴。

實(shí)驗(yàn)方法：取果肉進(jìn)行轉(zhuǎn)錄組和代謝組測(cè)序。生理指標(biāo)測(cè)定：pH值、有機(jī)酸、可溶性糖（TSS）、維生素C含量

測(cè)序策略：轉(zhuǎn)錄組（Illumina測(cè)序平臺(tái)）+非靶代謝組（GC-MS）

技術(shù)路線

研究?jī)?nèi)容

風(fēng)味是影響石榴及其產(chǎn)品感官的重要因素，在石榴的加工和貯藏過(guò)程中很容易失去新鮮度，但目前對(duì)風(fēng)味相關(guān)化合物的生物合成還知之甚少。

該研究對(duì)中國(guó)7個(gè)地區(qū)突尼斯石榴的代謝組和轉(zhuǎn)錄組、風(fēng)味相關(guān)屬性和揮發(fā)性化合物進(jìn)行了研究。7個(gè)不同種植區(qū)的石榴，糖、有機(jī)酸和維生素c含量存在顯著差異。所有樣品共鑒定了40種揮發(fā)性化合物，其中13種揮發(fā)性化合物。所有樣品中有4種化合物含量較高，包括1-己醇、(Z)-3-己烯醇、α-松果醇和2,4-二叔丁基苯酚，是影響石榴香氣品質(zhì)的主要貢獻(xiàn)因素。所有樣品的5個(gè)差異積累代謝物，包括棕櫚酸、辛酸、月桂酸、癸酸和肉豆蔻酸，在所有樣品的脂肪酸生物合成中均顯著富集。WGCNA分析結(jié)果表明42個(gè)候選風(fēng)味相關(guān)差異表達(dá)基因和9個(gè)轉(zhuǎn)錄因子主要位于3個(gè)關(guān)鍵模塊中。己烷酸是一種重要的代謝物，與38個(gè)差異表達(dá)基因顯著相關(guān)。本研究構(gòu)建了復(fù)雜的調(diào)控網(wǎng)絡(luò)，以確定調(diào)控石榴中揮發(fā)性化合物代謝的結(jié)構(gòu)基因和轉(zhuǎn)錄因子，發(fā)現(xiàn)bZIP56、bZIP56、bZIP20、WRKY24和bHLH9在石榴果皮的風(fēng)味代謝調(diào)控中起重要作用。

該研究為理解石榴果皮風(fēng)味生物合成和調(diào)控網(wǎng)絡(luò)的差異提供了新的見(jiàn)解。對(duì)于突尼斯軟籽石榴，生長(zhǎng)區(qū)環(huán)境因素對(duì)不同生長(zhǎng)階段風(fēng)味品質(zhì)調(diào)控的干預(yù)機(jī)制有待進(jìn)一步探討。

代謝+轉(zhuǎn)錄組解析石榴果風(fēng)味調(diào)控機(jī)制

多組學(xué)研究在植物領(lǐng)域中的應(yīng)用案例3、代謝組+轉(zhuǎn)錄組聯(lián)合分析揭示了紫茶花中苯類(lèi)-苯丙烷色素和香氣的關(guān)系

英文標(biāo)題：Integration of Metabolome and Transcriptome Reveals the Relationship of Benzenoid-Phenylpropanoid Pigment and Aroma in Purple Tea Flowers

期刊（IF）：Frontiers in plant science

影響因子：5.753（2021年11月）

Doi：10.3389/fpls.2021.762330

實(shí)驗(yàn)設(shè)計(jì)

實(shí)驗(yàn)材料：在廣東省白塘鎮(zhèn)的茶園中培育了紫茶花BT和白花茶花ZJ

實(shí)驗(yàn)方法：采摘第2階段（開(kāi)花前）的花朵，收集花瓣液氮速凍，-80℃保存。

測(cè)序策略：轉(zhuǎn)錄組（Illumina測(cè)序平臺(tái)）+非靶代謝組（GC-MS）

主要研究?jī)?nèi)容

山茶花的花通常是白色的，葉片是紫色的，研究發(fā)現(xiàn)了一種特殊的品種，葉子和花都是紫色的，而研究者通常關(guān)注顏色形成的機(jī)制，而忽略了香氣的變化。紫茶樹(shù)含有更多的花青素，屬于黃酮類(lèi)化合物。同時(shí)，由莽草酸途徑衍生的苯丙氨酸（Phe）是黃酮類(lèi)化合物和揮發(fā)性苯類(lèi)苯丙素（BPs）的前體。因此，目前尚不清楚BP的香氣是否因紫色的出現(xiàn)而減弱。

本研究整合了白花（ZJ）和紫花（BT）的花瓣代謝組和轉(zhuǎn)錄組，揭示了顏色（花青素）和香氣（揮發(fā)性BPs）之間的關(guān)系。結(jié)果表明，在紫色花瓣中，3-脫氧-d-阿拉伯七甲糖酸7-磷酸合酶（DAHPS）促進(jìn)的上游莽草酸途徑升高。在增加的花青素中，飛燕草素-3-O-葡萄糖苷（DpG）極高；苯甲醛、苯乙醇、苯醇（AP）也增強(qiáng)，AP顯著升高。誘導(dǎo)揮發(fā)性BPs生物合成相關(guān)的結(jié)構(gòu)基因，在整個(gè)類(lèi)黃酮生物合成途徑下調(diào)，不同的是，類(lèi)黃酮F3’?H和類(lèi)黃酮F3’?5’?H通過(guò)高表達(dá)，將碳通量轉(zhuǎn)移到飛燕草素，然后通過(guò)增加青銅-1（BZ1）（UDP-葡萄糖：類(lèi)黃酮3-O-葡萄糖基轉(zhuǎn)移酶）與糖苷結(jié)合形成DpG。

選擇與AP和DpG高度相關(guān)的轉(zhuǎn)錄因子（TFs），研究它們與差異表達(dá)的結(jié)構(gòu)基因的相關(guān)性。結(jié)果顯示MYB、AP2/ERF、bZIP、TCP、GATA等基因顯著表達(dá)，并專(zhuān)注于Phe上游合成基因的調(diào)控(DAHPS；和AP（苯乙醛還原酶、短鏈脫氫酶/還原酶）、Dp（F3’H；F3’?5’?H）和DpG（BZ1）的合成，但抑制黃酮（黃酮醇合酶）和兒茶素（白花青素還原酶）的形成。這些結(jié)果發(fā)現(xiàn)了紫茶樹(shù)中揮發(fā)性BPs的促進(jìn)作用，擴(kuò)展了我們對(duì)BPs型顏色與香氣關(guān)系的理解。

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